V čase totality sa do krypty nepochovávalo, bola terčom ničenia, zo susediacich kasární sa do nej prebúrali vojaci. No v uplynulých storočiach išlo o prestížne miesto posledného odpočinku výnimočných osobností. "V katedrálnych chrámoch na celom svete sú v súčasnosti väčšinou pochovávaní iba diecézni či emeritní biskupi. Vyplýva to z predpisov Kódexu kánonického práva," povedal pre TASR hovorca Arcibiskupského úradu v Trnave Dušan Kolenčík. Aj na Slovensku sa preto pohreby do chrámových krýpt uskutočňujú len v prípade biskupov.
Krypta v Katedrále sv. Jána Krstiteľa v Trnave patrí k najväčším podzemným priestorom sepulklárneho (náhrobného) charakteru na Slovensku. Podľa historičky Zuzany Dzurňákovej z Trnavskej univerzity, ktorá sa dlhodobo venuje pôsobeniu jezuitskej rehole v univerzitnom prostredí v 17. storočí v Trnave, zaberá celý priestor pod svätyňou a hlavnou loďou kostola. "Ak zoberieme do úvahy rozmery chrámu dĺžku 61 metrov, šírku 28,1 metra a šírku svätyne 14,8 metra, tak je možné túto hrobku právom považovať za unikát, a to nielen z hľadiska jej veľkosti, ale i významu," konštatovala Dzurňáková.
Vstup do krypty je situovaný uprostred svätyne v jej prednej časti. Pôvodne bola v podlahe osadená kamenná doska, datovaná rokom 1700 a mala pripomínať rod Esterházy, ktorého predstaviteľ, palatín Mikuláš Esterházy, mal najväčšie zásluhy na výstavbe kostola ako súčasti Trnavskej univerzity (v roku 1637). Následne v nej boli v priestore pod svätyňou pochovávaní členovia toho významného uhorského šľachtického rodu.
"V roku 1641 pochovali do krypty s neobyčajným prepychom palatínovu manželku Kristínu Ňáriovú. Dobové správy popisujú, že steny kostola boli potiahnuté čiernym súknom, v interiéri kostola stál impozantný katafalk, okolo ktorého horelo vo dne i v noci 1100 pozlátených a umelecky prevedených lampášov. V septembri 1645 zomrel aj sám zakladateľ a donátor chrámu Mikuláš Esterházy a s rovnako veľkou pompou uložili jeho telesné pozostatky do krypty," informovala Dzurňáková. Následne tu našli miesto svojho odpočinku aj štyria synovia palatína Mikuláša Ladislav, František, Gašpar a Tomáš, ktorí padli v bitke s Turkami 26. augusta 1652 pri Vozokanoch, a ďalší členovia rodiny.
Zaujímavosťou podľa Dzurňákovej je, že jezuiti prisľúbili pochovávanie príslušníkov tohto rodu až po štvrtú generáciu za obety, ktoré priniesol pri výstavbe chrámu. Okrem nich sa tam nachádzajú aj hroby členov rádu. Najviac vo verejnosti známym spomedzi pochovaných je podľa Kolenčíka kňaz, misionár a mučeník Ján Simonides, ktorý bol pre svoje presvedčenie zavraždený v roku 1674. V rokoch 2006 a 2008 pochovali do podzemia biskupov Umlčanej cirkvi Pavla Mária Hnilicu a Petra Dubovského.
Kolenčík uviedol, že keďže sa v krypte aj do budúcnosti počíta s pochovávaním, Trnavská arcidiecéza chce kryptu postupne opraviť. "Podobne, ako sa to už udialo s interiérom i exteriérom katedrály, samozrejme, ako to naše finančné prostriedky dovolia," dodal hovorca arcidiecézy. Krypta býva pre verejnosť sprístupnená pri zvláštnych príležitostiach.