Ako dôvod uviedli "útoky istých európskych štátov" a "groteskné obvinenia z obchodovania s odpadom a z protizákonných aktivít". Marine Le Penová, ktorá vedie francúzske krajne pravicové Národné združenie, vo svojom tvíte vyjadrila radosť zo správy, že Aquarius končí so svojimi záchrannými operáciami. Na svojom konte na Twitteri Le Penová napísala, že koniec promigrantských aktivít lode Aquarius, "komplica prevádzačských mafií, je vynikajúcou správou".
Loď Aquarius sa stala symbolom politickej krízy, ktorá vypukla v súvislosti s prijímaním imigrantov. Obe humanitárne organizácie túto loď už dva mesiace nemôžu používať na záchranu ilegálnych prisťahovalcov. Frédéric Penard, riaditeľ SOS Méditerranée pre oblasť záchranných operácií v Stredomorí, pre agentúru AFP uviedol, že prijať rozhodnutie vzdať sa lode Aquarius bolo mimoriadne ťažké. Dodal súčasne, že SOS Méditerranée "už aktívne skúma možnosti pre nové plavidlo a štát, ktorého vlajku by loď mala". Táto mimovládna organizácia študuje aj všetky návrhy súkromných osôb, ktoré by jej umožnili pokračovať v humanitárnej misii. "Odmietame zostať so založenými rukami na brehu, zatiaľ čo na mori ľudia stále zomierajú," vyhlásil Penard.
Talianske justičné orgány koncom novembra tohto roku nariadili zhabanie lode Aquarius. Dôvodom bolo podozrenie z údajného protizákonného obchodovania s odpadom nebezpečným pre ľudské zdravie. Talianska prokuratúra začala v tejto záležitosti vyšetrovanie voči pracovníkom MSF, ktorá prevádzkuje loď Aquarius spoločne s organizáciou SOS Méditerranée. Samotné plavidlo v súčasnosti kotví vo francúzskom Marseille. Prokuratúra v Catanii na Sicílii zistila, že v období od januára 2017 do mája 2018 bolo v Taliansku nezákonne zlikvidovaných celkove 24 ton odpadu z lodí Aquarius a Vos Prudence.
Materiál, ktorý mohol byť zdrojom infekcií, posádky vyložili v talianskych prístavoch ako bežný, a nie ako nebezpečný odpad, uviedli vyšetrovatelia. Nebezpečným odpadom malo byť predovšetkým oblečenie, ktoré mali na sebe zachránení migranti. Organizácia MSF podľa talianskych orgánov ušetrila 460.000 eur, ktoré by vynaložila na jeho likvidáciu zákonným spôsobom. Tieto peniaze majú byť teraz stiahnuté z účtov MSF.