Jej páchatelia nie sú doteraz známi a z celkových 1210 odcudzených predmetov sa na aukciách objavilo iba niekoľko. Vrátené do múzea boli tri kusy. Do pátrania sa popri polícii zapojil aj slovenský i český Interpol.
Na krádež sa prišlo, keď si pracovníci múzea 6. marca 2004 všimli, že zo schodiska hlavnej budovy sa náhle stratili pozlátené figurálne hodiny z 19. storočia, pri ktorých sa radi fotografovali mladomanželia. Následná kontrola všetkých depozitov ukázala, že je to iba zlomok celkovej škody múzea. Predmety sa podľa všetkého strácali dlhodobo, prinajmenšom od konca novembra 2003 až do konca februára 2004, ale pravdepodobne aj niekoľko rokov skôr.
Vyšetrovatelia i zamestnanci sa zhodli na tom, že nešlo o náhodnú krádež, ale o cielene vybrané kúsky i kolekcie, pravdepodobne pre konkrétneho objednávateľa. Stopy násilného vniknutia sa však pri vyšetrovaní nenašli. Stratil sa vzácny čínsky porcelán, keramika, hodiny, sklo, predmety z cínu, mosadze, bronzu, liturgické predmety, šperky, mince, umelecké zámky, pečatidlá, obrazy, plastiky, z nich tucet vysokých vyše metra, orientálne texty i historické zbrane. Všetky veľmi dobre predajné na svetových legálnych i nelegálnych trhoch starožitností. Celková suma lupu je nevyčísliteľná.
Podľa vyjadrenia krajskej policajnej hovorkyne v Trnave Martiny Kredatusovej bolo vo veci vypočutých viac ako dvadsať ľudí. Štyri osoby, vrátane vtedajšieho riaditeľa zariadenia, polícia podrobila testu na detektore lži, no s negatívnym výsledkom. S prípadom bola spájaná aj smrť domovníka múzea. Toho našli deň pred plánovaným výsluchom na polícii obeseného v miestnosti, ktorá bola zamknutá zvnútra. Po čase polícia pátranie prerušila.
"Pracovníkom múzea sme zdôrazňovali, pretože mali odcudzené predmety rokmi napozerané, aby sledovali ponuky na webových stránkach aukčných siení. V podobných prípadoch je medzinárodne odporúčaný postup dlhodobo intenzívne prezerať predmety ponúkané na rôznych aukciách," povedal pre TASR hovorca Prezídia Policajného zboru (PZ) SR Michal Slivka.
V októbri 2009 získala polícia operatívnou cestou poznatok, že na internete ponúka Aukcion House Zezula Brno dva súbory predmetov - šálku s tanierikom a pohár. "Predmety si na webe všimla pracovníčka múzea, upozornili nás a my sme konali. V spolupráci s Interpolom Bratislava a Praha, s policajným pridelencom SR v Českej republike a tiež pracovníčkou múzea, ktorá tie tri predmety dobre poznala a presvedčivo pred sudcom v Česku zdokumentovala, že sú skutočne z ich múzea. Predmety boli v rámci žiadosti o medzinárodnú právnu pomoc v Česku odňaté majiteľovi aukčnej siene a v marci 2010 boli prevezené na Slovensko," uviedol Slivka.
V auguste 2010 sa scenár u rovnakej aukčnej siene opakoval, vtedy išlo o plastiku Madony s dieťaťom a lekárenskú nádobu. "Pražskí kolegovia zistili, že madonu predali súkromnému zberateľovi do štátu Illinois v USA a že nádobu do aukcie dodala osoba z Talianska, majiteľ bol z Prahy. Nádoba nebola predaná cez aukciu, ale neskôr formou voľného predaja," informoval Slivka.
V októbri 2015 trnavská kriminálka požiadala o medzinárodnú spoluprácu - preverenie príslušníčky istého šľachtického rodu vo Veľkej Británii. Mali existovať dôvody, že by o prípade krádeží v Trnave mohla niečo vedieť. Interpol Manchester poskytol slovenským orgánom informáciu podľa ktorej sa preverovaná osoba vyjadrila, že nemá žiadne poznatky v tejto veci. Briti súčasne ponúkli slovenskej strane možnosť realizovať vypočutie. Podnet zo Slovenska už ale neprišiel. "Vzhľadom na to, že neboli zistené žiadne skutočnosti, ktoré by napomohli vyšetrovaniu a osoba sa vyjadrila, že nemá žiadne poznatky o krádežiach, trnavská polícia vypočutie tejto osoby neiniciovala," uviedla pred pár dňami Kredatusová.
Trnavská polícia prípad otvorila opäť vo februári 2014, nakoľko bolo, opäť v rovnakej brnianskej aukčnej sieni, nájdené orientálne kadidlo. Znalecké skúmanie potvrdilo, že pochádzalo z Trnavy. Jeho hodnota bola stanovená na 15 000 eur. "V zmysle Zmluvy o vzájomnej pomoci v trestných veciach bolo odovzdané do úschovy Mestskému štátnemu zastupiteľstvu v Prahe, ktoré rozhodne o vrátení v občianskoprávnom konaní. Vzhľadom na to, že sa nezistili skutočnosti oprávňujúce vykonať trestné stíhanie proti určitej osobe, bolo trestné stíhanie v júni 2017 prerušené," informovala Kredatusová.
Prípad veľkej muzeálnej krádeže vstupuje do ďalšej päťročnice bez väčších úspechov. Múzeum medzičasom podľa riaditeľky Daniely Čambálovej urobilo na zabezpečenie zbierok viaceré opatrenia. Vstupy do depozitárov sú sledované nonstop, priebežne sa inovuje celý systém elektronického zabezpečenia vrátane kamerového systému. "Ochrana zbierok je pre nás prioritou," povedala pre TASR. V roku 2017 získalo múzeum dotáciu z prostriedkov Fondu na podporu umenia na projekt rozšírenia bezpečnostných prvkov, v rámci ktorého bol tiež vypracovaný bezpečnostný audit a prijaté opatrenia.
"Aktualizovaný bezpečnostný systém múzea zlepšil a zjednodušil sledovanie a ochranu zbierkových predmetov i osôb nachádzajúcich sa vo všetkých budovách múzea. Nepretržité sledovanie situácie umožňuje v prípade potreby okamžité použitie prostriedkov určených na riešenie krízových situácií," informovala TASR Čambálová. Múzeum vypracovalo projekt na skvalitnenie ochrany zbierkových predmetov so žiadosťou o finančnú dotáciu na Fond aj v roku 2019.