Po 11 týždňov trvajúcom procese uznala porota po šiestich dňoch rozhodovania Guzmána jednomyseľne vinným vo všetkých desiatich bodoch obžaloby. Mexický narkobarón bol obvinený, že stál na čele kedysi všemocného kartelu Sinaloa, ktorý bol podľa obžaloby najväčším dodávateľom drog do Spojených štátov.
Guzmána zadržali v januári 2016, keď päť mesiacov predtým utiekol tajne vyhĺbeným tunelom z mexickej väznice. Bol tiež obžalovaný z toho, že ako šéf kartelu Sinaloa zamestnával zabijakov, ktorí na jeho príkaz zavraždili, uniesli alebo umučili "stovky" členov konkurenčných gangov. Proti Guzmánovi, ktorý bol kedysi pokladaný za jedného z najbohatších ľudí sveta, svedčili počas procesu viacerí jeho bývalí spoločníci vrátane jeho zástupcu.
Kartel Sinaloa operujúci na severe Mexika sa postupom času stal najväčšou organizáciou dovážajúcou drogy do Spojených štátov a v roku 2009 sa Guzmán dostal na zoznam najbohatších ľudí sveta, na ktorom s majetkom vo výške približne jednej miliardy dolárov obsadil 701. miesto. Okrem pašovania stoviek ton kokaínu do Spojených štátov bol Guzmán obžalovaný aj zo spoluúčasti na výrobe a distribúcii heroínu, metamfetamínu a pestovaní marihuany, ako aj pohlavného zneužívania maloletých dievčat, ktoré pred znásilnením nadrogoval. Niektoré z nich mali len 13 rokov a Guzmán ich nazýval svojimi "vitamínmi", lebo bol presvedčený, že pohlavný styk s mladými dievčatami mu dodáva životodarnú silu, uviedol vo výpovedi jeden z Guzmánových dlhoročných spoločníkov, kolumbijský pašerák drog Alex Cifuentes.
Cifuentes tiež počas procesu uviedol, že Guzmán dal úplatok vo výške 100 miliónov dolárov bývalému mexickému prezidentovi Enriqueovi Peňovi Nietovi, ktorý po nástupe do funkcie v roku 2012 údajne žiadal od Guzmána 250 miliónov dolárov za to, že zastaví jeho prenasledovanie. Ďalší zo svedkov, ktorým bol bývalý Guzmánov osobný strážca Isaías Valdez Ríos, vypovedal, že videl svojho šéfa, ako zabil najmenej troch mužov za to, že sa pridali ku konkurenčnému kartelu. Guzmán ich najprv bil, kým nevyzerali ako "handrové bábiky", a potom ich strelil do hlavy. Napokon nariadil, aby ich telá "hodili na oheň". Pri inom incidente nechal člena konkurenčného kartelu Arellano-Félix najprv popáliť, potom ho držal v cele a napokon ho dal odviesť na miestny cintorín, postreliť a pochovať zaživa.
Keď sa Guzmána jeden z jeho pobočníkov opýtal, prečo zabíja ľudí, jeho šéf mu odpovedal: "Buď bude plakať tvoja matka, alebo tá jeho". Joaquín Archivaldo Guzmán Loera, pre svoju výšku prezívaný El Chapo (Krpec), sa narodil v chudobnej komunite v mexickom štáte Sinaloa podľa rôznych zdrojov 25. decembra 1954 alebo 4. apríla 1957. Predaju drog sa začal venovať od 15 rokov. Postupne sa v zločineckých štruktúrach vypracoval a bol považovaný za jednu z najvýznamnejších postáv zločineckého prostredia v Mexiku.
Prvýkrát ho zadržali v roku 1993 v Guatemale, odkiaľ bol vydaný do Mexika. V roku 2001, keď sa objavila informácia o jeho hroziacom vydaní do USA, sa mu však z väzenia podarilo ujsť. Po 13 rokoch na úteku ho polícia znova chytila vo februári 2014. V júli 2015 však z väzenia opäť ušiel, a to 1,6 kilometra dlhým tunelom vykopaným z cely do najbližšieho domu, ktorý kúpili jeho príbuzní. Na úteku vtedy strávil pol roka.
Znovu ho zadržali 8. januára 2016 v mexickom meste Los Mochis. Počas záťahu bolo zastrelených päť ľudí. Zástupcovia USA a Mexika sa následne dohodli na Guzmánovom vydaní do Spojených štátov, ku ktorému došlo v januári 2017. Vo väzení v mexickom meste Ciudad Juárez ležiacom pri hraniciach s USA, ho dovtedy strážilo okolo 700 príslušníkov ochranky, a to vnútri objektu i v jeho okolí.
