V prvých voľbách, v ktorých si občania volili prezidenta priamo, porazil Schuster Mečiara. Do volieb išiel ako koaličný kandidát viacerých strán vrátane SOP, ktorú Schuster sám založil. Vo funkcii prezidenta sa neskôr často dostával do konfliktu s premiérom Mikulášom Dzurindom.
Do volieb v roku 2004 išiel ako kandidát viacerých strán na čele so Smerom. Po tom, ako v roku 2006 vyhrala strana voľby a zložila vládu, sa Gašparovič často správal ako fanúšik Smeru - sám hovoril, že je akoby ich členom. Úrad obhájil aj v roku 2009 a prezentoval sa skôr ako vládny politik.