Oficiálne vyžrebovanie bude zverejnené prostredníctvom Únie ligových klubov 13. júna, ale už by však mal byť známy program úvodných kôl, ktoré určil nový model vyžrebovania (namiesto doterajších Bergerových tabuliek).
Nováčik najvyššej slovenskej súťaže FK Pohronie Žiar nad Hronom Dolná Ždaňa čaká vstup do ligového ročníka ako remeň, keď na svojom vynovenom štadióne privíta úradujúceho šampióna ŠK Slovan Bratislava. Aktuálny víťaz Slovenského pohára FC Spartak Trnava sa predstaví v domácom prostredí na Štadióne Antona Malatinského proti regionálnemu susedovi ŠKF Sereď. Najväčšie slovenské derby medzi bratislavským Slovanom a Spartakom Trnava by sa podľa predbežného vyžrebovania malo odohrať v septembri na Tehelnom poli a vo februári v Trnave. O menách svojich súperov v 1. kole Fortuna ligy informovali kluby na oficiálnych weboch.
Fortuna liga 2019/2020 sa bude hrať rovnakým systémom ako v uplynulých dvoch sezónach, čiže po 22-kolovej základnej časti sa súťaž rozdelí na dve šestky - horná bude hrať o titul, spodná o udržanie sa v súťaži. Jesenná časť sa končí 7. decembra, jarná sa začne 15. februára 2020.