Junquerasov obhajca Andreu Van den Eynde v predposledný deň procesu s 12 katalánskymi lídrami obvinenými v súvislosti so snahami o vyhlásenie nezávislosti tvrdil, že "neposlušnosť" bola nesprávne označená za vzburu. Prokuratúra podľa neho zveličuje a je zaujatá, čo jej odoberá dôveryhodnosť.
Za neposlušnosť vo vážnych prípadoch hrozí peňažná pokuta a zákaz výkonu verejnej funkcie na tri roky.
Deviati separatisti vrátane Junquerasa sú obžalovaní zo vzbury, ktorej sa mali dopustiť zorganizovaním nezákonného referenda o nezávislosti v októbri 2017 a následným vyhlásením Katalánskej republiky. V prípade uznania za vinných im hrozí odňatie slobody v trvaní až do 25 rokov. Ďalšie tri osoby sú obvinené z občianskej neposlušnosti a sprenevery verejných prostriedkov. Súdny proces sa začal v Madride 12. februára.