Jeho meno sa spájalo s viacerými kontroverznými témami, no problémom sa stala až rozšifrovaná komunikácia Mariána Kočnera. Ten v nej mal spomínať práve Slobodníka, ktorý však odmieta, že mu akokoľvek pomáhal.
Slobodníkovo meno sa riešilo už, keď sa prevalilo, že Smeru daroval dvetisíc eur. Neskôr sa stal vysokopostaveným príslušníkom polície. „Bol som ľavicovo zmýšľajúci človek, uznával som ľavicové hodnoty a rovnoprávnosť, ktorú vlastne Smer celú zahodil do koša,“ povedal Slobodník pre Denník N. Jeho meno skloňoval aj Kočner v rozhovoroch s Norbertom Bödörom.
Pozná sa s ním, no odmieta, že by mu dával informácie. Napriek tomu sa rozhodol odísť do civilu. „Je na to čas pre čistotu všetkého, aby nikto nemohol hovoriť, že tento človek tam stále je a bol súčasťou chápadla,“ vysvetlil Slobodník. Podľa Denníka N, keď Kočner zistil, že sa Slobodník stretáva s Kuciakom a rozoberajú niektoré témy, tak ho titulovali výrazmi ako „Smrad“. Kočnera Slobodník podľa vlastných slov nepoznal.
Čižnár rozhodol v prospech Kočnera
V ďalšom prípade má Kočner dôvod na radosť. Generálny prokurátor Jaromír Čižnár zrušil rozhodnutie prokurátora Úradu špeciálnej prokuratúry, ktorý zamietol jeho sťažnosť proti obvineniu v prípade vraždy Jána Kuciaka a jeho snúbenice. TASR o tom informoval jeho obhajca Marek Para. Čižnár rozhodol 29. júla, a to o mimoriadnom opravnom prostriedku. „Vyšetrovatelia tímu poškodeného Jána K. a Martiny K. evidentne porušili práva Mariána K., keď mu znemožnili odôvodniť sťažnosť v prípade dvojnásobnej vraždy,“ zdôraznil advokát. Parovi podľa jeho slov nebolo umožnené nahliadnuť do spisu, a to mu „znemožnilo efektívne odôvodniť sťažnosť proti obvineniu.“