Vzhľadom na túto hrozbu musela Medzinárodná triatlonová únia (ITU) zrušiť plaveckú časť sobotňajších pretekov zdravotne znevýhodnených športovcov. Kvalita vody dosiahla úroveň číslo 4, ktorá predstavuje najväčšie riziko pre športovcov. Japonskí organizátori tak majú okrem horúčav, ktorých sa na budúci rok tak obávajú, aj ďalší problém. Kým vo štvrtok pre horúčavy spojené s vysokou vlhkosťou skrátili bežeckú časť predolympijských testov mužov o polovicu, keď deň predtým skončilo v nemocnici s úpalom niekoľko pretekárok, v sobotu preteky paratriatlonistov celkom zrušili. Presnejšie z triatlonu urobili duatlon. „Je mi ľúto športovcov, že sme nemohli efektívne pripraviť podmienky súťaže,“ povedal novinárom Šiničiro Ocuka, generálny riaditeľ japonskej Triatlonovej únie. Podľa neho silné znečistenie vody spôsobil dážď, ktorý v japonskej metropole trval dva týždne, a ktorý splachuje nečistoty z pobrežia do vody. Organizátori testovali vlani vodu 26 dní od júla do septembra a kvalita vody zodpovedala požiadavkám svetových federácií len desať dní pre plávanie a šesť dní pre triatlon. „Urobíme všetko pre to, aby mohli športovci súťažiť bezpečne,“ vyhlásil šéf organizačného výboru, olympijský víťaz v hode kladivom z Atén 2004 Kodži Murofuši, ktorý dodal, že uvažujú o inštalácii podvodných clôn, ktoré by zabránili prieniku znečistenia z pobrežia pri daždi.
Problémy s vodou riešili aj organizátori predošlej olympiády v Riu de Janeiro, kde vykazovala voda na športoviskách pre jachting, windsurfing, veslovanie a diaľkové plávanie tiež vysoké hodnoty tzv. kanalizačných baktérií a vírusov. Brazílčania robili, čo mohli, ale záliv Guanabara sa nepodarilo uviesť do stavu, aký by si športovci predstavovali. No nakoniec tam súťažili...