Takmer stostranovú obžalobu zverejnil portál aktuality.sk. Dokument obsahuje veľa dôkazov proti kontroverznému podnikateľovi aj zvyšku partie.
Koncom roka 2017 a začiatkom roka 2018 si mal Kočner objednať vraždu novinára u svojej spojky Aleny Zsuzsovej. Kuciakovi sa stala osudnou jeho novinárka práca, v ktorej sa venoval rozsiahlej ekonomickej činnosti Kočnera. Na zbavenie sa novinára mal dokonca plán. Kočner údajne chcel, aby Kuciaka najprv uniesli a až potom zabili. Mladý novinár a jeho snúbenica napokon prišli o život v ich dome vo Veľkej Mači.
V obžalobe sa ďalej uvádza, že suma, ktorú mal Kočner sľúbiť za likvidáciu Kuciaka nie je známa. Doterajšie informácie naznačujú, že za Kuciakovu vraždu zaplatil objednávateľ minimálne 70 000 eur. Zsuzsová sľúbila Zoltánovi Andruskóovi za ohavný čin odmenu 50-tisíc a odpustenie dlhu 20-tisíc eur.
Obvinený Andruskó sa rozhodol spievať a potvrdil, že na likvidáciu novinára bývalého policajného vyšetrovateľa Tomáša Szabóa. Dvojica si dom niekoľkokrát obhliadla a 21. februára 2018 v ňom zaznela streľba. Správa sa na druhý deň cez Zsuzsovú dostala až ku Kočnerovi. Obžaloba odhalila, že podnikateľ deň po vražde navštívil banku, kde má bezpečnostnú schránku jeho firma a vstúpil do nej.
Zsuzsová si ešte ten deň v Bratislave prevzala 50- tisíc eur, ktoré odovzdala Andruskóovi. Ten po 20-tisíc eur rozdelil Szabóovi s Marčekom a zvyšok si nechal. V obžalobe sa uvádza, že suma Marčekovi a Szabóovi nestačila a chceli viac. Kočner mal opäť zamieriť do banky a okrem návštevy bezpečnostnej schránky vybral hotovosť 50-tisíc eur v 500-eurových bankovkách. Marček odhadol, že im Andruskó doniesol asi sedemtisíc eur, Andruskó sumu odhadol na 10- až 20-tisíc eur. Pri domových prehliadkach našla polícia u Zsuzsovej sumu dvadsaťtritisíc eur a v izbe Tomáša Szabóa v dome jeho rodičov 2950 eur.
Pred vraždou bol Szabó s Marčekom na niekoľkých obhliadkach domu vo Veľkej Mači. Kuciaka plánoval zastreliť už 19. februára. Zistili, že v dome je aj Martina Kušnírova, tak z akcie vycúvali. O dva dni neskôr už také šťastie nemali. Marček zabúchal na vchodové dvere a keď mu Ján otvoril, strelil mu do hrude. Martina vbehla do kuchyne, kde ju strelil do hlavy. Marčekov opis podľa prokurátora úplne nesedí so závermi znalcov. Nezrovnalosti pripisuje Marčekovmu psychickému stavu.
Vražedná paria vedela o Kuciakovi všetko. Podľa obžaloby dal Kočner Zsuzsovej záznamy zo sledovania novinára, ktoré vznikli na jeseň 2017. Informácie zisťovať exsiskár Peter Tóth. Fotky sa mali následne dostať od Zsuzsovej až Andruskóovi. V záznamoch sledovania bol podrobne opísaný celý denný režim Jána Kuciaka.
Okrem Mariana Kočnera sú obvinení aj Alena Zsuzsová, Tomáš Szabó, Miroslav Marček a Zoltán Andruskó. Sú vo väzbe.
Po dvojnásobnej úkladnej vražde sa konali pochody za Jána a Martinu a Za slušné Slovensko, ktoré organizovala rovnomenná iniciatíva. Ľudia na námestiach žiadali vyšetrenie vraždy, potrestanie páchateľov aj predčasné voľby. Neskôr od požiadavky predčasných volieb iniciatíva ustúpila. Situácia po vražde si vyžiadala zmenu vlády, kabinet Roberta Fica vystriedala exekutíva Petra Pellegriniho (obaja Smer-SD).