Obžalobe čelia spolu s Marianom Kočnerom. Ten je v súdnej väzbe za údajné falšovanie zmeniek TV Markíza a za marenie spravodlivosti. Podľa obžaloby prokurátora Úradu špeciálnej prokuratúry (ÚŠP) si mal Marian Kočner objednať vraždu Jána Kuciaka u Aleny Zsuzsovej koncom roka 2017, respektíve začiatkom roka 2018 z dôvodu pomsty za články, ktoré odkrývali jeho ekonomickú trestnú činnosť.
Okrem vraždy novinára čelia Miroslav Marček a Tomáš Szabó aj obžalobe z vraždy podnikateľa z Kolárova Petra Molnára. Toho mali podľa obžaloby ÚŠP zavraždiť v roku 2016 so zámerom lúpeže.
Okrem dvoch spomínaných vrážd obviňuje prokurátor ÚŠP Miroslava Marčeka, Tomáša Szabóa a Mariana Kočnera aj z nedovoleného ozbrojovania.