Nakamuru spolu s piatimi Afgancami zastrelili v stredu neznámi ozbrojenci na okraji cesty vo východnej provincii Nangarhár.
Rakva s lekárovým telom bola v nedeľu dopravená na letisko v Tokiu, kde sa konal krátky smútočný obrad. Zúčastnili sa na ňom Nakamurova manželka a dcéra i viacerí štátni predstavitelia Japonska vrátane ministra zahraničných vecí.
Afganský prezident Ašraf Ghaní bol medzi ľuďmi, ktorí niesli Nakamurovu rakvu počas obradu na letisku v Kábule. Ghaní nedávno japonskému lekárovi udelil čestné afganské občianstvo.
Nakamura pôsobil v Afganistane od roku 2008. Viedol tam zavlažovacie projekty zamerané na skvalitnenie poľnohospodárstva vo vidieckych oblastiach. Službami v prospech obyvateľov si vyslúžil prezývku "Strýko Murad".
Ozbrojenci, ktorí lekára spolu s Afgancami usmrtili, z miesta činu ušli. Polícia po páchateľoch stále pátra. Afganské radikálne hnutie Taliban poprelo akúkoľvek spojitosť s útokom.