Bolsonaro takisto obhajoval kroky zamerané na rozšírenie chovu dobytka, pestovania sóje a kukurice v oblastiach obývaných domorodými obyvateľmi, ktorých veľká časť sa nachádza v amazonskom dažďovom pralese. "Cena mäsa stúpa. Musíme chovať viac hospodárskych zvierat," uviedol. Bolsonaro dlho bojuje proti chráneným domorodým oblastiam v Amazónii, ktoré podľa neho predstavujú hrozbu pre zvrchovanosť krajiny.
Po tom, čo sa Bolsonaro v januári 2019 ujal moci, sa odlesňovanie v Amazónii takmer zdvojnásobilo v porovnaní s rokom 2018, vyplýva z údajov brazílskeho Národného inštitútu pre výskum vesmíru (INPE).
Ľudskoprávna organizácie Amnesty International vyzvala v novembri Bolsonara, aby obmedzil farmy s nelegálnym dobytkom v Amazónii, pretože predstavujú "veľmi reálnu hrozbu nielen pre ľudské práva pôvodných a tradičných obyvateľov, ktorí tam žijú, ale aj pre ekosystém celej planéty".