Podľa prvého vyjadrenia vtedajšieho prezidenta Policajného zboru Tibora Gašpara bola pravdepodobným motívom vraždy Kuciakova investigatívna práca, čo v septembri 2018 potvrdil aj dozorujúci prokurátor.
Zavraždený Ján Kuciak bol reportérom spravodajského portálu Aktuality.sk a špecialistom na dátovú žurnalistiku, ktorý vyhľadával a analyzoval informácie z verejných zdrojov. Venoval sa predovšetkým kauzám spojeným s daňovými a dotačnými podvodmi. Slovenské média napríklad po jeho vražde publikovali ním pripravovaný materiál o podvodoch talianskych podnikateľov na východnom Slovensku, napojených na zločineckú skupinu ’Ndrangheta a o väzbách jedného z jej členov na predstaviteľov vládnej strany Smer – sociálna demokracia (Smer-SD) a Roberta Fica.
Ján Kuciak písal aj o nezákonných aktivitách podnikateľa Mariana Kočnera, ktorý sa mu za to, niekoľko mesiacov pred vraždou v septembri 2017, aj telefonický vyhrážal. Novinár podal na podnikateľa trestné oznámenie, ale polícia ho odmietla bez toho, aby Mariana Kočnera vypočula. Po vražde novinára sa prípad znovu otvoril. Národná kriminálna agentúra (NAKA) ale oznámenie Jána Kuciaka opäť odmietla s tým, že „nie je dôvod na začatie trestného stíhania”.
Februárová vražda novinára Jána Kuciaka a jeho snúbenice otriasla slovenskou verejnosťou aj politickou scénou. Po zverejnení správy o dvojnásobnej vražde vláda vypísala odmenu milión eur za informácie vedúce k odhaleniu páchateľa a niektorí novinári dostali policajnú ochranu. Pred vraždou pritom niektorí vládni predstavitelia vyhrážanie sa novinárom zľahčovali a vtedajší premiér Robert Fico (Smer-SD) zvykol novinárov označovať ako „špinavé protislovenské prostitútky“.
V priebehu niekoľkých dní sa po celej krajine konali masové protesty, aké Slovensko nezažilo od Novembra ´89. Viedli k rezignácii ministra vnútra Roberta Kaliňáka (Smer-SD) a tiež k vládnej kríze. Pod tlakom verejnosti podal Robert Fico demisiu svojej vlády a vo funkcii premiéra ho nahradil jeho spolustraník Peter Pellegrini. Personálne zmeny, ktoré sa v novej vláde udiali, však boli minimálne.
Koncom septembra 2018 polícia zadržala a obvinila štyri osoby: Tomáša Szabóa, Miroslava Marčeka, Zoltána Andruskóa a Alenu Zsuzsovú V marci 2019 z objednávky vraždy Jána Kuciaka obvinili aj podnikateľa Mariana. Kočnera. Podľa obžaloby prokurátora Úradu špeciálnej prokuratúry si mal vraždu novinára u Aleny Zsuzsovej objednať práve Marian Kočner z pomsty za články, ktoré odkrývali jeho ekonomickú trestnú činnosť. Marian Kočner mal tiež nechať sledovať viacerých novinárov, medzi ktorými bol aj zavraždený Kuciak. Z vyšetrovania prípadu vyplynula aj rozsiala komunikácia obžalovaného podnikateľa s vysokými predstaviteľmi prokuratúry, justície aj politikmi.
V práve prebiehajúcom súdnom procese Senát Špecializovaného trestného súdu (ŠTS) v Pezinku už odsúdil obvineného Zoltána Andruskóa na trest 15 rokov odňatia slobody za podiel na úkladnej vražde investigatívneho novinára Jána Kuciaka. Tú si u neho mala objednať Alena Zsuzsová na požiadanie Mariana Kočnera. Rozsudok je právoplatný, keďže Andruskó súhlasil s dohodou o vine a treste.
Za vykonávateľov vraždy označuje prokuratúra Miroslava Marčeka a Tomáša Szabóa, ktorým za ňu mal Andruskó sprostredkovať finančnú odmenu. K činu sa priznal aj obžalovaný Miroslav Marček. Ten podľa svojich slov Jána Kuciaka a Martinu Kušnírovú v ich dome zastrelil. Ostatní obžalovaní svoju účasť na vražde, ako aj vinu popierajú. V prípade uznania viny im hrozí trest odňatia slobody na 25 rokov alebo doživotie.
