V období vlády Ivety Radičovej ju aj viedol. V tom čase sa začalo preverovať podozrenie z tunelovania majetku Vojenskej spravodajskej služby v predošlom období. Správu o možnom tunelovaní spravodajstva vypracoval a zverejnil zástupca Romana Mikulca, dnes už zosnulý Vladimír Suchodolinský.
V júni 2013, po tom, čo Mikulec skončil vo funkcii, polícia mala pri prehliadke jeho auta zaistiť vyhradené a dôverné dokumenty týkajúce sa fungovania VSS. Mikulec však tvrdil, že micro SD karta s dokumentáciou mohla byť do jeho auta podstrčená ako pomsta za to, že odhalil podozrenia z tunelovania VSS. Tá sa medzitým zlúčila s Vojenským obranným spravodajstvom do Vojenského spravodajstva. Prípad sa dostal až na súd, Okresný súd Bratislava III však obžalovaného pre prečin ohrozenia dôvernej a vyhradenej skutočnosti v júni 2018 oslobodil.
Sudca v odôvodnení oslobodzujúceho rozsudku kritizoval postup orgánov činných v trestnom konaní. Napríklad pri prehliadke auta obžalovaného podľa neho postupovali „čisto amatérsky“, keď zaistenú micro SD kartu chytali holými rukami. Znemožnilo to totiž vykonať objektívne dokazovanie. Nebolo podľa neho ani preukázané, že dokumenty na karte sa akýmkoľvek spôsobom spájajú s osobou obžalovaného. Ani obsah dokumentov nebol spôsobilý, „aby zasiahol do chránených záujmov SR“, zdôvodnil sudca prvostupňového súdu.
Oslobodzujúci verdikt v tomto prípade potvrdil aj odvolací Krajský súd v Bratislave v septembri 2019. Podľa odôvodnenia verdiktu bolo v prípade preukázané len to, že obžalovaný šoféroval vozidlo, v ktorom na našla predmetná karta. „Vozidlo však bolo služobné, nemal ho k dispozícii len obžalovaný," povedal vtedy predseda senátu Krajského súdu v Bratislave. Pripomenul tiež, že karta bola objavená až po vyše roku po tom, čo bol Mikulec odvolaný z funkcie riaditeľa VSS.
Samotný Mikulec po vynesení verdiktu odvolacieho súdu v septembri minulého roku uviedol, že celý prípad pre neho znamená sedem rokov zbytočných a absurdných útrap. „To, aby občan SR v 21. storočí trávil sedem rokov na súde a po siedmich rokoch súd potvrdí to, čo hovoril celých sedem rokov, že niečo nespáchal, tak to sú zmiešané pocity," zdôraznil. Mikulec zároveň pripomenul, že on aj jeho kolega Suchodolinský patrili k prvým, ktorí v rámci odhaľovania tunelovania VSS poukázali na to, ako sa na Slovensku narába s verejnými financiami a akí ľudia boli dosadzovaní do významných funkcií. Stíhanie voči jeho osobe bolo podľa Mikulca pomstou za túto činnosť.
OĽaNO sa rozhodlo nominovať Romana Mikulca za ministra vnútra aj preto, že nepôsobil v rezorte vnútra. Dezignovaný premiér Igor Matovič tvrdí, že je dobré, aby rezort prišiel upratať človek, ktorý v ňom nepracoval. Vyzdvihol Mikulcovu skúsenosť s vedením ľudí. Lukáš Kyselica bude Mikulcovi podľa Matoviča maximálne nápomocný. Matovič si ho vie predstaviť na poste štátneho tajomníka ministerstva, ktorý by riešil hĺbkovú reformu Policajného zboru (PZ).
,,Na post ministra vnútra nasadzujeme plukovníka, vojaka, ktorý si svoju hodnosť zaslúžil tak, že preukázal svoje manažérske schopnosti a schopnosť viesť," povedal Matovič s tým, že potrebujú rozhodného človeka, ktorý dokáže "zaveliť". Dodal tiež, že prioritami jeho vlády je nulová tolerancia korupcie.
