V telefonáte z jesene 2017, ktorý bol reakciou na článok o aktivitách obžalovaného, ten novinárovi povedal, že sa bude zaujímať o neho a jeho rodinu, „hľadať špinu“ a Kuciak preto „prestane písať“.
Podľa obžalovaného však z telefonátu nevyplýva žiadna agresia a on si nemyslí, že by sa po ňom Kuciak cítil ohrozený. Poukázal pritom na výpoveď jednej Kuciakovekj kolegyne, podľa ktorej si na tému telefonátu „robili spolu srandu“. Pokiaľ ide o vyjadrenie, že Kuciak prestane písať, Marian Kočner to prirovnal k situácii, že by mal dôkazy o chirurgovi, ktorý nevie operovať. Ten by potom nutne musel s operovaním skončiť. On sám chcel podľa vlastných slov dokázať Kuciakovi, že nepíše pravdivo, čo by malo za následok poškodenie jeho kariéry. Frázu o hľadaní špiny podľa vlastných slov uviedol „možno v afekte“.
Marian Kočner sa zároveň na pojednávaní pýtal, prečo následné trestné oznámenie Kuciak podal na generálnej prokuratúre a nie na obvodnom oddelení policajného zboru, ktoré takéto veci rieši. Sám si odpovedal, že motívom bolo, pravdepodobne, vykresliť celú vec zaujímavejšie za účelom medializácie. Dodal, že prokuratúra opakovane rozhodla, že telefonát nebol vyhrážaním.
Podľa právnych zástupcov poškodených však telefonát zapadá do obžalobnej verzie, keďže následne sa spustila lustrácia a sledovanie Kuciaka.
Obžalovanými v kauze vraždy Jána Kuciaka, Martiny Kušnírovej a v prípade ďalších skutkov sú podnikateľ Marian Kočner, jeho známa Alena Zsuzsová a bývalý policajt Tomáš Szabó. Na samostatné konanie bol v prípade vraždy novinára vyčlenený bývalý vojak Miroslav Marček, ktorý sa priznal, že zastrelil Kuciaka, jeho snúbenicu a v roku 2016 podnikateľa Petra Molnára. Tento obžalovaný bol 6. apríla 2020 neprávoplatne odsúdený na 23 rokov väzenia. Účasť na vražde priznal aj Zoltán Andruskó. Po dohode o vine a treste mu súd uložil trest 15 rokov väzenia. Andruskó od svojho zadržania na jeseň 2018 spolupracoval v kauze vraždy Kuciaka s vyšetrovateľmi.
Jána Kuciaka a jeho snúbenicu Martinu Kušnírovú zastrelili 21. februára 2018 v ich dome v obci Veľká Mača v okrese Galanta. Kuciak bol investigatívnym novinárom portálu Aktuality.sk a okrem iného sa zaoberal kauzami podnikateľa Mariana Kočnera.
