Hrať sa bude v skrátenom päťkolovom formáte so šiestimi mužstvami. VV SFZ sa tak nestotožnil s návrhom Únie ligových klubov a (ÚLK) a Komisie SFZ pre riadenie II. ligy, ktorá už dávnejšie odsúhlasila návrh o ukončení ročníka.
"Výkonný výbor je ešte niekde uprostred rokovania. Odkomunikujem dva body, ktoré vás najviac zaujímajú. V stanovisku VV SFZ k návrhu ÚLK dohrať súťaž s tým, že nebude z FL nik vypadávať, VV rozhodol nasledovne: druhá liga sa bude hrať tiež v skrátenom režime. Berieme do úvahy odohratie po 15. kole a rozhodovať sa bude medzi šestkou. Takže len šesť mužstiev bude dohrávať zápasy medzi sebou. Berieme do úvahy zápasy, ktoré už odohrali ako 16., 17. a 18. kolo plus zvyšok zápasov, ktoré prvá šestka odohrá medzi sebou. A rozhodli sme o tom, že víťaz II. ligy, ktorý skončí prvý, odohrá baráž s posledným mužstvom z Fortuna ligy. Za tento model hlasovalo 10 členov VV SFZ, traja boli proti a jeden sa zdržal hlasovania. Chceme, aby sa na Slovensku opäť hral futbal a aby sme dali šancu víťazovi druhej ligy bojovať o postup," povedal na utorkovom brífingu prezident SFZ Ján Kováčik. Prvé kolo je, rovnako ako v prípade Fortuna ligy, naplánované na 13. júna.
"Druhé rozhodnutie, ktoré sme dnes urobili, a podľa môjho názoru tiež kľúčové, je, že sme prerokovali návrh možnosti zaradenia družstiev mládeže do vyššej súťaže, u tých, ktorí skončili na prvom mieste. Vo všetkých súťažiach by víťazi mládežníckych súťaží mali možnosť postúpiť do vyššej súťaže s tým, že sa súťaž rozšíri," dodal Kováčik.
Utorňajší verdikt VV SFZ zrušil de facto návrh ÚLK aj Komisie pre II. ligy o zrušení súťaže. Aktuálna je tabuľka po 18. kole, z ktorých si berú zainteresované mužstvá body po 15. kole. V nadstavbe sa odohrá 5. kôl, nebude to však 15 zápasov, ale bude sa hrať len 11. Keďže v 16., 17. a 18. kole už niektoré tímy zo šestky hrali spolu a tieto zápasy sa im budú zarátavať do konečného poradia.
Pri zdôvodnení rozhodnutia Kováčik ďalej argumentoval: "Poviem tiež môj subjektívny názor. Mňa veľmi prekvapilo, že pri hlasovaní ÚLK sa nebral do úvahy názor najslávnejších a najdôležitejších klubov na Slovensku. Klubov, ktoré okrem Trenčína a Košíc, získali od samostatnosti Slovenska všetky tituly. Je tu problém, ktorý neviem pomenovať. Neviem, prečo takéto kluby nevedia presadiť svoj názor. Možno mi to niektoré fortunaligové kluby budú mať za zlé, ale poviem toto - mali byť len dve možnosti, buď hráme alebo nehráme. Keď chceme dať aspoň šancu účastníkom druhej ligy, aby sa pobili o jedno postupové miesto, baráž bola najlepšie riešenie. Hľadali sme riešenie, ktoré bude aspoň trochu akceptovateľné."
Sezónu II. ligy prerušili pre pandémiu koronavírusu 9. marca. Únia ligových klubov (ÚLK) rozhodla už 22. mája o reštarte najvyššej súťaže v skrátenom 5-kolovom formáte a aj o tom, že z nej nikto nezostúpi, ani do nej nepostúpi. Takéto riešenie sa nepáčilo lídrovi druhej ligy MFK Dukla Banská Bystrica, kritiku vyjadrili napríklad aj Dubnica a Skalica. VV SFZ napokon navrhol hrať baráž medzi víťazom II. ligy a posledným tímom FL.
VV SFZ mal v právomoci okrem skráteného formátu aj ukončiť II. ligu. Väčšina druholigistov už v závere mája ukončila tréningový proces, niektorí z nich s ním po uvoľnení opatrení súvisiacich s pandémiou koronavírusu ani nezačali. Komisia pre II. ligu medzitým odsúhlasila uzávierku prihlášok na 26. júna a nový ročník by mohol odštartovať začiatkom augusta. Počet účastníkov zatiaľ nie je jasný, otáznik visí napríklad nad FC Petržalka, ktorá vraj zvažuje prihlášku do III. ligy.
Vo štvrtok 28. mája VV SFZ odhlasoval zákaz všetkých súťaží mládeže, žien a dievčat s tým, že je nutné urobiť všetko pre to, aby čo najskôr mohol plnohodnotne začať nový súťažný ročník 2020/2021. Predpokladaný termín začiatku jednotlivých súťaži TÚ SFZ navrhne po konzultácii s klubmi. Už koncom marca sa rozhodli predčasne ukončiť sezónu tri regionálne futbalové zväzy od tretích líg nižšie (ZsFZ, SsFZ a VsFZ), Bratislava v tom čase súťaže len pozastavila, ale napokon ich koncom mája tiež definitívne zrušila. K rovnakému kroku vyzvali regionálne zväzy aj SFZ.